私もその違いを知りたいです。（日本人ですが･･･）

同じ意味ですが、インターネット上では、時々違う文字で書いたりします。たとえば、オタクをヲタク、ほかには行くを逝く等、みんな文字を楽しんでいるのです。
英語でも同じように時々します。

近年では「オタク」という表現が一般化し、オタク＝岡田斗司夫みたいな人と認識され、それらを嫌った[要出典]「オタク」と呼ばれる人たちは「オタク」という語の使用をやめ、「ヲタ」「＊＊ヲタ」という語を使っている。 「車ヲタ」、「アニヲタ」、「ゲーヲタ」、「エロゲヲタ」、「ガンヲタ」、「ジャニヲタ」、「モーヲタ」、「珍ヲタ」、「ゴスヲタ」、「サカヲタ」、「プヲタ」、「馬ヲタ」、「鉄ヲタ」、「バスヲタ」、「軍ヲタ（ミリヲタ）」、「建築ヲタ」、「ファッションヲタ」、「ブランドヲタ」、「役所ヲタ」、「読書ヲタ」、「メガネヲタ」、「渋谷ヲタ」などがその例である。

Wikipedia　より
私も知らなかったです。

ありがとう！

As a correct Japanese spelling, we'd never use ヲタク, it's completely wrong. But as makey さん or Wikipedia says it seems to be OK as a Japanese Otaku spelling. I didn't know that either. Funny and professional question!

sunmoon and Nadeshiko: Thanks for the corrections!

On a side note, I looked up "wota" on the English Wikipedia and it says that アイドルオタク call themselves ヲタ to differentiate from traditional オタク. Interesting >.<

「オ（お/o）」と「ヲ（を/wo）」は、100年ぐらい前までは、読み方も使い方もごちゃまぜだったらしいんですが、
政府の教育機関がそれらを全部「お/オ」に統一して、「を/ヲ」は今のような助詞の「を/ヲ」（Particle）だけにしようと決めたんだそうです。
最近のネットや漫画では、ときどき懐古的（retrospective）に「お/オ」を「を/ヲ」と書いたり、英語にちなんでwatchをヲチ（をち）と書いたりするんですよ。

nerdやgeekの人たちが好んで使う言葉だと思います。言葉のどこかを変えるのは英語にもあると思います。